どのような仮定がされていますか？

計算機は、空気抵抗が無視でき、重力による加速度が一定で9.80665 m/s²であると仮定しています。

負の高さを指定できますか？

はい、負の初期高さは、投射物が地面より下の地点（例えば、崖の端から）から発射されることを意味します。